即然你在IIS里有应用程序池，那么你应该是使用的2003啦。
2003的IIS中有一个备份还原功能，不知楼主注意到了没有。
在IIS左栏的服务器（通常是本地计算机）上点右键，选择“所有任务”，那里有一个“备份/还原配置”。IIS会不定时的备份你的IIS配置，找到最近一个没有问题的配置还原即可。
如果你是用的IIS6安装包+非2003系统的可能是无法使用这个功能。
另外如果你是在网站那个分类中选择“以隔离模式运行WWW服务”这个是不支持应用程序池的。
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