建议找部门组长和主管尽量好好协商，住院了应该有住院证明，实在有急事，口头请假也是可以的。不知你说的扣工资是扣本月的工资，还是只是扣你请假的工资，对于请假的工资，每个公司对于病假、事假都有相关的规定。如果他扣你一个月的工资，这是违反劳动合同的，可以找当地劳动局维权。实在协商不成再通过其它途径维权。
