你和用人单位，签了两年合同，你干了三个月是自行离职，是否按照法律规定提交了辞职申请？如果你已过了试用期没有提前30天向单位提出辞职申请，那公司有权以你违约扣你工资，但不能扣除你应得的工资。你若认为不合理，建议到当地的劳动部门申请劳动仲裁，或直接去法院起诉。
找到相关证据，到企业所在地的劳动仲裁部门申请劳动仲裁。关键在证据。
