1）应该不会有什么麻烦！我就做过这样类似的单子，报关的时候以FOB报关，但是提单上显示‘FREIGHT PREPAID‘，并没有出现什么其他意外。
2）一般情况下，报关单金额应与发票金额一致，在实际操作中，对于出口发票，你可以把运费单独列出（发票自己其实也可以做调整的），也可以把运费摊到价格里去。不过如果你报关单上成交方式用CFR，而你常用的发票又没有运费单独一项，建议你把运费摊到价格里去。
以上回复仅供参考，为本人实际工作所悟。
再补充一句，刚才发现一个帖子，刚好提到相类似的问题，你可以去看一下http://www.wmyounger.com/show.php?textID=43b237684ba6d
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