按规定是不允许这样做的，开票方是可以在其开票系统上做作废操作，但是因为对方已经认证，这种操作就是违规操作，导致的后果是认证方认证数据无效，比对失败，要做进项税转出，开票方违规操作，要受处罚，包括罚款和发票供应量减少，发票版本降级等。
如果已经认证了，那就不能作废了，
已经拿去认证，并且抵扣了税款，那么需要做以下操作：
1、你们在开票机上打印一张红字发票申请单，发票联和抵扣联各复印一份，拿去当地税务局申请一下，只要没问题，税务局可以出具一份 开具红字发票通知单。
2、然后你们公司要把 这份 开具红字发票通知单 寄给对方公司。
3、对方公司收到 开具红字发票通知单 后，在他们的开票机上开出 红字发票（金额和税款为负数），然后记账联对方自己留着做账， 发票联和抵扣联 交给你们公司财务，你们公司财务就可以做 进项税转出了。
已经认证不能作废。
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