A、豌豆产生的雄配子数量远远多于雌配子，A错误；B、基因自由组合定律的实质是：在F1产生配子时，等位基因分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合，两个“非”缺一不可，B错误；C、遗传学上把mRNA上决定一个氨基酸的三个相邻碱基叫做一个“遗传密码子”，C错误；D、基因突变是DNA分子中发生碱基对的增添、缺失或改变，而引起的基因结构的改变，D正确．故选：D．
