A、分子和原子都可以再分，原子在化学变化中不能再分，故A错误；B、分子和原子都在不停地运动，故B正确；C、分子的质量不一定比原子的质量大，例如氢分子的质量小于氧原子的质量，故C错误；D、氢原子的原子核内不含有中子，故D错误；故选B．
